Existen varias versiones sobre el origen del Reiki ya que en un principio la trasmisión de estos se realizó de forma oral y se pudo deformar en parte de maestro a maestro pero en lo básico resultan coincidentes.
La época de su redescubrimiento se remonta a 1.870 en la persona de Mikao Usui, doctor y sacerdote japonés que enseñaba en la Universidad Cristiana de Kioto. Cuando sus alumnos preguntaron sobre el método de sanción que Jesús utilizaba para sanar enfermos, y ante la imposibilidad de dar una respuesta comenzó una búsqueda que le llevó cerca de diez años y a redescubrir esta técnica. Investigó desde las fuentes budistas de la India hasta la universidad de Teología de Chicago, donde tampoco pudo obtener todas las respuestas que buscaba. Hizo la comparativa de las curaciones de Jesucristo y las del primer Buda, Gautama Siddharta, quien había realizado curaciones similares.
Aprendió a leer sánscrito, el antiguo idioma litúrgico utilizado en la India y el Tíbet. Se dice que viajó por los distintos monasterios hasta encontrar en uno de ellos unos manuscritos en el que un discípulo de Buda hablaba de procedimientos y símbolos datados en el 2.500 a.C. y que fueron utilizados en las curaciones que realizó Buda (similares a las de Jesús).
Con ese material y tras un tiempo de meditación y estudio “redescubrió el sistema” (como digo existen distintas fuentes que relatan el proceso de forma similar).
Esto sucedió a su vuelta a Japón donde se retiró a la montaña de Kurama, lugar en el que meditó y ayunó durante 21 días. Se cuenta que en el último día, una brillante luz penetró a través de su frente, iluminándole y visualizando los símbolos que había redescubierto y el modo de activarlos.
Se dice que tras ese tiempo y utilizando el sistema comenzó con las primeras sanaciones. Fue a través de estas pruebas cuando el propio Usui lo bautizó como Reiki y comenzó a aplicar el sistema en los barrios bajos de Kyoto.